COVID-19 überlisten konnten Wissenschaft, es sei denn wissen bleibt aktuell

COVID-19 überlisten konnten Wissenschaft, es sei denn wissen bleibt aktuell

2020-07-08

Das virus, das bewirkt, dass COVID-19 hat viele Varianten, und wenn sich die Wissenschaftler nicht auf dem Laufenden bleiben, wie es ist Veränderung in verschiedenen teilen der Welt, testen es können falsch negative Ergebnisse verursachen.

Die Entwicklung eines wirksamen Impfstoffs könnte auch beeinträchtigt werden, wenn die Experten nicht ständig Reihenfolge Proben des virus zu verfolgen, Ihrer genetischen Vielfalt.

Diese Erkenntnisse ergeben sich aus einer Studie von Wissenschaftlern der University of Manitoba ‚ s Rady Faculty of Health Sciences in Zusammenarbeit mit der Virologie-Labor an der Universidad de Concepción in Chile. Die Studie wurde online veröffentlicht in Mai in PeerJ—die Zeitschrift für Bio-und Umweltwissenschaften.

Die Forscher verwendeten öffentlich zugänglichen Datensätzen zu analysieren ganze Genom-Sequenzierung Proben von Patienten, die infiziert wurden mit SARS-CoV-2, das virus, das bewirkt, dass COVID-19, vor dem 27. März 2020.

Dr. Carlos Farkas, ein Postdoc-Forscher in der Pharmakologie und Therapeutik in der Max Rady College von Medizin und am Forschungsinstitut für Onkologie und Hämatologie ist die Studie führen Autor. Er ist an der Spitze mit neuartigen Werkzeugen in der Bioinformatik (die Wissenschaft der Verwendung von Computern zu analysieren biologische Daten) zu verfolgen Mutationen des coronavirus.

Die UM-team war das erste zu kombinieren, genomische Sequenzierung Daten aus zwei weltweiten Quellen, um zu erkennen, Varianten von geografischen region. Sie fanden 146 verschiedene Varianten oder genetische „footprints“ Links von dem virus, in die Daten des Patienten.

„Eine unserer wichtigsten Erkenntnisse war, dass die Proben von Washington, einem der US-Staaten, in denen das virus wurde erstmals erkannt, hatte schon einen unverwechselbaren Fußabdruck von spezifischen viralen Sequenz geändert,“, sagte co-Autor Dr. Jody Haigh, außerordentlicher professor von Pharmakologie und von Therapeutik und senior scientist am Forschungsinstitut für Onkologie und Hämatologie.

„Etwa 39 Prozent der Washington State Proben hatte diese Bauform. Die asiatischen und europäischen Proben waren vielfältiger in Bezug auf Veränderungen in der viralen Sequenz, aber Ihre Spuren waren deutlich Verschieden von denen in den USA Proben.“

Der Labor-test, der verwendet wird, um zu erkennen, SARS-CoV-2, Farkas und Haigh sagte, verwendet kleine Stücke von DNA oder Primer, binden an die virale Sequenz verstärken und alle viralen RNA/DNA, die in der patientenprobe.

„Diese Primer entsprechend die virale Sequenz genau, um einen robust positiven Ergebnis“, sagte Farkas. „Wenn Forscher design diese Primer binden an die Regionen des virus, die Sie nicht bewusst geändert haben, die in einer bestimmten population, es kann schlecht sein, die Verstärkung und das Ergebnis kann falsch-negative Befunde.“

Die UM-Forscher fanden heraus, dass einige Veränderungen in der viralen Sequenz in der Tat befindet sich in den Regionen des virus, wo die Primer wurden angeblich zu binden. „Dies mag erklären, einige falsch-negative Ergebnisse in COVID-19-Tests,“ Haigh sagte.

„Weil SARS-CoV-2 ändert sich schnell, Forscher sollten sich bewusst sein, die aktuelle lokale virale Fußabdrücke, um die design-DNA Primer nicht binden Regionen des virus, die sich geändert haben. Andere Regionen des virus, die nicht zeigen, diese änderungen sollten verwendet werden, für die Gestaltung von Grundierungen.“

Die Forscher hoffen, dass Ihre Ergebnisse Einfluss COVID-19 Prüf-und Impfstoff-Entwicklung und unterstreichen die Bedeutung von häufigen genetischen Sequenzierung der Proben in jedem Land der Welt.